Fue creada por un grupo de personas interesadas en proteger los ecosistemas terrestres y marinos del Santuario de Flora y Fauna de la isla Malpelo.
Este islote es la posesión colombiana más occidental en el mar pacífico, que por su posición geográfica contiene una inmensa riqueza de especies de animales marinos, reptiles y aves.
La Fundación, que dirige Sandra Bessudo, colabora en la protección del islote, el control de la pesca ilegal y la educación de los turistas.