Como entidad sin ánimo de lucro, esta institución se ha hecho a un nombre como organización de avanzada en la investigación de la ecología de bosques montanos en Colombia, orientada a la restauración y el diseño de estrategias de conservación.
Su investigación está dirigida a la ecología y la conservación de los bosques andinos, en relación con a patrones de diversidad biológica, respuestas de la vida silvestre a diferentes alteraciones del paisaje, ecología de población de especies amenazadas, evaluación de estrategias de restauración para la recuperación de la biodiversidad de los bosques nublados, incluyendo los procesos de ecosistemas.
Esta investigación es básica para la evaluación de las consecuencias de la actividad humana sobre la biodiversidad y su persistencia y su análisis, significativo en el diseño de planes de gestión efectiva de la conservación.
Así, con su trabajo en pro del medio ambiente, la Fundación Ecoandina se vuelve ejemplar, gracias a sus obras y planes que ayudan a conservar el ecosistema y la tierra, como un lugar sano y digno de habitar.